Fue en el 2000, cuando ya su líder histórico había fallecido Jose Francisco Peña Gómez, Hipólito Mejía (2000-2004), derrotó con casi un 50% de los votos al PLD y su candidato Danilo Medina, y a la última candidatura de Balaguer. La entusiasta base perredeísta confió en el regreso de la esperanza nacional. Sin embargo la división, desconcierto y desorden intrínsecos del partido estallaron con igual dimensión a pocos meses del gobierno. El mandatario impulsó el restablecimiento de la reelección presidencial consecutiva contra viento y marea. Los principios antirreleccionistas del peñagomismo rodaron hechos añicos, y el PRD volvió a dividirse en medio de intensas contradicciones. Su emblemático presidente Hatuey de Camps abandonó la organización para formar el Partido Revolucionario Social Demócrata (PRSD), en medio de una crisis económica y política, que posibilitó el regreso al poder del expresidente Fernández, candidato del PLD (2004-2008 y 2008-2012). ?Desde su derrota en 2004 el PRD zarpó hacia un complejo escenario político, que lo mantiene a la deriva y al borde del aniquilamiento. Su liderazgo quedó a merced del expresidente Mejía y el surgimiento del exsecretario de Obras Públicas de su gobierno, el empresario Miguel Vargas, quien en 2007 ganó la candidatura presidencial con un 80% de los votos, a la exvicepresidenta Milagros Ortiz Bosch.
La candidatura de Vargas no inspiró a los votantes para construir una alternativa política y fue derrotada en las elecciones de 2008 por el PLD y la reelección de Fernández. En esos comicios Vargas proyectó un distanciamiento del impopular Mejía, lo que a su vez se tradujo en una apatía del grupo del exmandatario en el proceso. Desde entonces las contradicciones se tornaron irreconciliables entre los seguidores de Vargas, presidente del partido, y del exjefe de Estado. El sofocante ambiente interno del PRD llegó a su clímax, en la convención de 2011, donde se enfrentaron los dos dirigentes y la comisión organizadora proclamó como ganador a Mejía (54%), en medio de la algarabía de sus seguidores y la consigna “Llegó Papá”.
El PRD vivió otra gran frustración en las elecciones del 2012. Sus seguidores abrigaron las reales esperanzas de una ampliación de la base electoral y regresar al poder con Mejía reivindicado. Por esto reaccionaron incrédulos cuando la Junta Electoral ofreció los resultados: Medina, del PLD, 51.21%, y Mejía, PRD, 46.95%.
Mientras el exmandatario, que se auto designó líder de la oposición, denunciaba a la Junta Central Electoral, hablando de manipulación, abuso de poder y que los resultados no mostraban la impresión de la voluntad del pueblo, sectores del PRD atribuían también a Vargas una cuota de responsabilidad y retaliación. Todo lo que hizo el presidente del partido fue para boicotear el triunfo, decían.
